Muito antes do termo Aquaponia ser inventado, entre os séculos 11 e 12 os Astecas, até então um povo nômade, assentaram-se as margens do lado Tenochtitlan, hoje México Central. Como as margens do lago eram de colinas íngremes, eles enfrentaram este desafio recolhendo arbustos, galhos e fibras e fizeram ilhas flutuantes, completando com o solo do fundo e das margens do lago. As Chinampas são herança do povo Asteca e cultivadas tradicionalmente até os dias de hoje.
Os egípcios, assim como os chineses e outros povos da antiguidade, também cultivavam seus peixes, cavando lagos e recolhendo peixes de rios e lagos próximos para seu futuro proveito.
Nos últimos 35 anos, a aquicultura desenvolveu-se de grandes lagoas escavadas para sistemas menores de recirculação de água (RAS). Neste sistema recirculante a densidade de peixes criados é maior, reduzindo a necessidade de espaço. Seguindo esta tendência de maximizar a produção em menores espaços, os Aquicultores se depararam com o problema de lidar com os resíduos dos peixes, começou-se então a analisar a capacidade de plantas aquáticas filtrarem a água dos peixes, a pesquisa foi se desenvolvendo e logo plantas terrestres também estavam sendo utilizadas para ajudar a purificar a água.
Em outro sistema de cultivo, a Hidroponia, os nutrientes estão disponíveis para as plantas em forma de sais (adquiridos em lojas especializadas), que recirculam no sistema até serem substituídos por uma nova solução.
Com a Aquaponia, os peixes disponibilizam 10 dos 13 nutrientes essenciais para as plantas, faltando Cálcio, Potássio e Ferro. Isto permite uma redução considerável nos custos e ainda fornece uma nova fonte de alimento. Os peixes alimentam as plantas, que devolvem a água limpa para os peixes, em um ciclo fechado, com baixo consumo de água e energia elétrica.
A Aquaponia tornou-se a evolução de duas tecnologias de produção de alimentos e trouxe a esperança do cultivo orgânico aos produtores comerciais e as famílias brasileiras.